1. 分離機制的不同

正相色譜：固定相極性強（如硅膠、氧化鋁），流動相極性弱（如己烷、氯仿）。分離主要靠極性吸附作用。極性強的組分在柱上滯留時間更長。

反相色譜：固定相極性弱（如C18, C8，碳鏈硅膠），流動相極性強（水/甲醇、乙腈等）。分離靠疏水作用。極性弱（非極性）的組分在柱上滯留時間更長。

2. 分離對象不同

正相色譜擅長分離中高極性、含官能團的物質，適用于油脂類、部分有機小分子、多糖、類固醇等。

反相色譜更適合分離中低極性、非極性或帶輕微極性的化合物，如藥物、環境污染物、多肽等，是目前應用最廣的液相色譜模式。

3. 樣品溶解性和流動相兼容性要求不同

正相色譜需要樣品溶解在非極性溶劑中；反相色譜適合水溶性、極性樣品。

4. 色譜選擇性互補

同一混合物在正相和反相色譜上有完全不同的分離效果。根據化合物的極性特性，“正反相搭配使用”能極大擴展色譜分離范圍和靈活性。

某些物質在其中一種條件下難以分離，需要用另一種相分離。

5. 色譜發展歷史

起初色譜采用極性硅膠作固定相——即正相色譜，是色譜的“原型”。

后來加入烷基化改性的硅膠（C18等）作為固定相，更適合極性流動相，分離能力更強，并能適應生物大分子和多種藥物分析，形成了反相色譜。